小糸川流域は、下流域の一部を除くとそのほとんどが君津市に属します。小糸川は、その上流域は清和地区（三島、秋元）を流れ、中流域は小糸地区（小糸、中）、下流域は君津地区（周南、貞元、八重原、周西）及び富津市富津地区を流れ、東京湾に流入します。