養老川の上流にも黒滝不整合が露出しています。ここでは、不整合面の上に丸い穴が多数あいている様子が見られ、これを穿孔貝の生痕であると考える研究者がいました。その場合、この場所は海岸付近のようなごく浅い場所で形成されたことになりますが、この穴は穿孔貝の生痕ではないと考える研究者もおり、よくわかっていません。