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| 大きな仲間分け | ||||||||
| 1a．被子器の子嚢層では，子嚢の間に側糸などの子嚢層内菌糸系がある（下図の①②）・・・２へ | ||||||||
| 1b．被子器の子嚢層では，子嚢の間に側糸などの子嚢層内菌糸系を欠く（下図の③）・・・Verrucariaceae アナイボゴケ科（●）へ | ||||||||
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２. 子嚢の間に側糸などの子嚢層内菌糸系がある（上図の①②） |
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| 2a．孔口は子器の側方につく・・・３へ | ||||||||
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| 2b．孔口は子器の頂部につく・・・４へ | ||||||||
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3．孔口は子器の側方につく（いずれも樹皮着生種） |
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3a．子嚢胞子は平行多室，糸状， 90 – 125 × 2.5 – 3 μm ・・・Cresporhaphis chibaensis ニセマルゴケ |
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3a．子嚢胞子は石垣状多室，30 – 54 (– 62) × 12 – 17 μm・・・Polymeridium proponens キヨスミゴケ →（種のページは準備中） |
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3a．子嚢胞子は2室，40 ‒ 45 × 17 ‒ 18 μm・・・Megalotremis chibaensis オオゴマゴケ |
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3a．子嚢胞子は平行4室，10-14 × 4-5 μm・・・Lithothelium japonicum ヒメサネゴケ |
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４．孔口は子器の頂部につく |
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4a．生葉上生（常緑樹やシダなどの生きた葉の上に生育）・・・Porina マルゴケ属，Strigula マンジュウゴケ属など →（準備中） |
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4b．岩上生か樹皮着生・・・５へ |
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５．岩上生か樹皮着生 |
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| 5a．子嚢胞子は褐色（未熟時は無色）・・・Pyrenula サネゴケ属等（準備中） | ||||||||
| 5b．子嚢胞子は無色（褐色にならない）・・・６へ | ||||||||
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7a．子嚢胞子は単室で長さ約50 μm．被子器壁は暗化しない・・・８へ |
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7b．子嚢胞子は隔壁があり，２室・平行多室・石垣状多室のいずれか．被子器壁は暗化するものとしないものがある・・・９へ |
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９．子嚢胞子は隔壁がある（2室・平行多室・石垣状多室） |
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9a．果殻（子器縦断切片）はほぼ無色で，特に上部で厚くなる．被子器壁に暗色や橙黄色の部分はない ・・・Hyalopyrenia japonica シロザネゴケ（●） |
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| 9b．果殻は無色から淡褐色など，上部で顕著に厚くなることはない．被子器壁に暗色や橙黄色の部分があることが多い・・・10へ | ||||||||
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11a．子嚢頂部の子嚢内壁は顕著に肥厚し（アピカルプラグがあり），目立たないあるいは幅の狭いオキュラーチャンバーがある．子嚢間の子嚢層内菌糸系は概ね単一（分枝しない）．子嚢胞子は平行多室（県外産では石垣状多室もある） ・・・Strigula マンジュウゴケ属 １２へ |
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11b．子嚢頂部の子嚢内壁は顕著に肥厚し（アピカルプラグがあり），幅の広いオキュラーチャンバー（概ね半球形）がある．子嚢間の子嚢層内菌糸系は，明らかに分枝癒合する側糸状体．子嚢胞子は2室．地衣体は灰白色 ・・・Anisomeridium ニセゴマゴケ属 １３へ |
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11c．子嚢頂部の子嚢内壁は薄く，明瞭なアピカルプラグはない．子嚢間の子嚢層内菌糸系は，概ね単一．子嚢胞子は2室・平行多室・石垣状多室のいずれか ・・・Porina マルゴケ属（●）へ |
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１２．Strigula マンジュウゴケ属（生葉上生種を除く） |
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12a．子嚢胞子は平行８室，26 – 43 × 6 – 9 μm ・・・Strigula aquatica サワマンジュウゴケ（●） |
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12b．子嚢胞子は2室，9 – 10 × ca. 2.5 μm ・・・Strigula minutula ヒメマンジュウゴケ（●） |
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| 12c．子嚢胞子は2室，13 – 17 × 4 – 5.5 μm ・・・Strigula nipponica ヤママンジュウゴケ（●） |
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１３．Anisomeridium ニセゴマゴケ属 |
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13a．岩上生（半淡水生種）子嚢胞子は小さい（9 – 16 × 4 – 6 μm） ・・・Anisomeridium japonicum ヤマトニセゴマゴケ（●） |
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13b．樹皮着生．子嚢胞子は大きい（24 – 32 × 7 – 9 μm） ・・・Anisomeridium ubianum オオニセゴマゴケ（●） |
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