地衣類のほとんどは子嚢菌門に属し（子嚢地衣），ごくわずかが担子菌門に属します（担子地衣）．子嚢菌門の中では全てが子嚢菌亜門に属しますが，日本産地衣類はその中でも，ホシゴケ菌綱をはじめ６つの綱に分かれます．日本の石灰岩生地衣類として本コンテンツに掲載された属や種が，どの綱（さらにその中の目）に属しているかを示しました（日本産地衣類として知られている目は，この表に挙げたもの以外に多数あります）．なお，この分類体系は，原田の試案（未発表）の一部を示したものです．
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