マキバエイランタイ →Cetraria laevigata Rassad.

マキバハナゴケ →Cladonia subcariosa Nyl.

マタゴケ →Cladonia furcata (Huds.) Schaer.

マタゴケモドキ →Cladonia wainioi Savicz

マダラハナゴケ →Cladonia phyllophora Hoffm.

マツゲゴケ →Rimelia clavulifera (Räsänen) Kurok.

マメゴケ →Trypethelium elutoriae Spreng.

マユゴケ →Agonimiella pacifica H.Harada

マルゴケ →Porina chlorotica (Ach.) Müll.Arg.

マルミカムリゴケ →Pilophorus nigricaulis M.Sato

マルミクチナワゴケ →Enterographa divergens (Müll.Arg.) Redinger

マルミゴケ →Thelidium japonicum H.Harada

ミキノフシアナゴケ →Mazosia japonica A.Sakata & H.Harada

ミズアオキノリ →Leptogium rivale Tuck.

ミズイロゴケ →Cladonia cyanipes (Sommerf.) Nyl.

ミゾハナゴケ →Cladonia macrophylla (Schaer.) Stenh.

ミチノクモジゴケ →Graphis rikuzensis (Vain.) M.Nakan.

ミツゴホシゴケ →Arthonia trilocularis Müll.Arg.

ミドリクボミサラゴケ →Gyalectidium shimanense Y.Suto

ミドリゴケ →Endocarpon pusillum Hedw.

ミドリサネゴケ →Staurothele iwatsukii H.Harada

ミヤギウシオイボゴケ →Verrucaria miyagiensis H.Harada

ミヤマウラミゴケ →Nephroma arcticum (L.) Torss.

ミヤマカワイワタケ →Dermatocarpon tuzibei M.Sato

ミヤマキゴケ →Stereocaulon curtatum Nyl.

ミヤマキノリ →Leptogium delavayi Hue

ミヤマクグラ →Oropogon asiaticus Asah. ex M.Sato

ミヤマコゲノリ →Umbilicaria proboscidea (L.) Schrad.

ミヤマハナゴケ →Cladonia stellaris (Opiz) Pouzar & Vězda

ミヤマヒジキゴケ →Cornicularia normoerica (Gunn.) Du Rietz

ミヤマヒメアオキノリ →Scytinium intermedium

ミヤママルゴケ →Porina mammillosa (Th.Fr.) Vain.

ミヤマムニンゴケ →Psoroma tenue var. boreale Henssen

ミョウギウロコゴケ →Neocatapyrenium cladonioideum (Vain.) H.Harada

（ミロスピウム　プラノルビス） →Milospium planorbis Aptroot & Sipman

ムカデコゴケ →Physciella melanchra (Hue) Essl.

ムキミゴケ →Psoroglaena cubensis Müll.Arg.

ムシゴケ →Thamnolia vermicularis Schaer.

ムニンアツバキノリ →Physma boninense H.Harada

ムニンウメノキゴケ →Parmotrema dilatatum (Vain.) Hale

ムニンコアカミゴケ →Cladonia didyma (Fee) Vain. var. didyma

ムニンヒメイワノリ →Lempholemma boninense H.Harada

メダイゴケ →Schismatomma ocellulatum (Vain.) Tehler

メロジョウゴゴケ →Cladonia merochlorophaea Asah.

モエギイボゴケ →Lecanora sibirica Müll.Arg.

モエギトリハダゴケ →Pertusaria flavicans Lamy

モクズゴケ →Santessoniella grisea (Hue) Henssen

モグリウシオイボゴケ →Verrucaria submicrospora Nyl.

モグリシズミゴケ →Collemopsidium sublitorale (Leight.) Grube & B.D.Ryan

モジゴケ →Graphis scripta (L.) Ach.

モツレノリ →Pyrenopsis conturbatula Nyl.

モミジツメゴケ →Peltigera polydactylon (Neck.) Hoffm.

モリアガリゴケ →Thecaria quassiicola Fée

モンシロゴケ →Parmelia marmorophylla Kurok.

モンシロゴケモドキ →Parmelia marmariza Nyl.