ヤグラゴケ →Cladonia krempelhuberi Vain.

ヤスダゴケ →Parmelia isidioclada Vain.

ヤスダニクイボゴケ →Ochrolechia yasudae Vain.

ヤスデゴケモドキ →Phylliscum japonicum Zahlbr.

ヤドリキッコウゴケ →Diploschistes muscorum (Scop.) R.Sant. subsp. muscorum

ヤブレガサゴケ →Paulia japonica Asah.

ヤマゲジゲジゴケ →Heterodermia pseudospeciosa (Kurok.) W.L.Culb.

ヤマトアナイボゴケ →Verrucaria nipponica Zahlbr.

ヤマトカワホリゴケ →Collema japonicum (Müll.Arg.) Hue

ヤマトキゴケ →Stereocaulon japonicum Th.Fr.

ヤマトチャシブゴケ →Lecanora nipponica H.Miyaw.

ヤマトニセゴマゴケ →Anisomeridium japonicum H.Harada

ヤマトムキミゴケ →Psoroglaena japonica H.Harada

ヤマハナゴケ →Cladonia fenestralis Nuno

ヤマヒコノリ →Evernia esorediosa (Müll.Arg.) Du Rietz

ヤママツゲゴケ →Parmotrema chinense (Osbeck) Hale & Ahti

ヤリノホゴケ →Cladonia coniocraea (Flörke) Spreng.

ヤンバルマルゴケ →Porina yambaruensis H.Harada

ユガミモジゴケ →Graphis anfractuosa Eschw.

ユビキゴケ →Stereocaulon octomerum Müll.Arg.

ユモジゴケ →Thecaria montagnei (Bosch) Staiger

ヨコワサルオガセ →Usnea diffracta Vain.

ヨシムラサワイボゴケ →Verrucaria yoshimurae H.Harada

ヨシムラニセゴマゴケ →Anisomeridium yoshimurae H.Harada

ヨシムラマルゴケ →Porina yoshimurae H.Harada

リボンゴケ →Hypogymnia hypotrypella (Asah.) Rass.

（レキデラ　エンテロレウケラ） →Lecanora sibirica Müll.Arg.

（レキデラ　センダイエンシス） →Lecanora sibirica Müll.Arg.

レプラゴケ →Lepraria cupressicola (Hue) J.R.Laundon

レンダイゴケ →Lichinella japonica H.Harada & Henssen

ロウソクゴケ →Candelaria concolor (Dicks.) Stein

ロウソクゴケモドキ →Candelariella vitellina (Hoffm.) Müll.Arg.

ワタゲチャシブゴケ →Lecanora chionocarpa Hue

ワタゴケ →Crocynia gossypina A.Massal.

ワタヘリゴケ →Byssoloma subdiscordans (Nyl.) P.James

ワラハナゴケ →Cladonia arbuscula (Wallr.) Hale & W.L.Culb. subsp. beringiana (Ahti) Golubk.

ワリキウメノキゴケ →Parmelinella wallichiana (Taylor) Elix & Hale