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| ASCOMYCOTA［子嚢菌門］― ASCOMYCOTINA［子嚢菌亜門］ |
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| A1. Arthoniomycetes［ホシゴケ菌綱］ |
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| A2. Coniocybomycetes［ホソピンゴケ菌綱］ |
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| A3. Dothideomycetes［クロイボタケ菌綱] |
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| Mycosphaerellaceae［（ミコスファエレラ）科］ |
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| 2. Monoblastiales［トゲミゴケ目］ |
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| A4. Eurotiomycetes［ユーロチウム菌綱] |
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| A41. Chaetothyriomycetidae［ケトチリウム菌亜綱] |
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| 1. Chaetothyriales［ケトチリウム目］ |
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| Herpotrichiellaceae［（ヘルポトリキエラ）科］ |
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| Anthoracothecium［ニキビゴケ属］ |
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| Distopyrenis［コザネゴケ属］ |
→●D. japonica |
| Lithothelium［ヒメサネゴケ属］ |
→●L. japonicum |
| Pyrenula［サネゴケ属］ |
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| Pyrgillus［エントツゴケ属］ |
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| Sulcopyrenula［ワレミサネゴケ属］ |
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| Xanthopyreniaceae［シズミゴケ科］ |
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| 3. Verrucariales［アナイボゴケ目］ |
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| A42. Subclass uncertain［亜綱不明] |
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| 1. Mycocaliciales［アリピンゴケ目］ |
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| Chaenothecopsis［ヒメピンゴケ属］ |
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| Mycocalicium［アリピンゴケ属］ |
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| Phaeocalicium［ノミピンゴケ属］ |
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| Stenocybe［クギゴケ属］ |
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| Sphinctrina［イチジクゴケ属］ |
→●S. tubaeformis |
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| A5. Lecanoromycetes［チャシブゴケ菌綱］ |
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| A51. Acarosporomycetidae［ホウネンゴケ菌亜綱] |
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| 1. Acarosporales［ホウネンゴケ目］ |
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| Acarospora［ホウネンゴケ属］ |
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| Phacopsis［ヤドリホウネンゴケ属］ |
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| Sarcogyne［カクレホウネンゴケ属］ |
→●S. regularis |
| Strangospora［マンサクゴケ属］ |
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| A52. Lecanoromycetidae［チャシブゴケ菌亜綱] |
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| （Cladoniaceae［ハナゴケ科］／Stereocaulaceae [キゴケ科]として区別することがある） |
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| Badimia［ヨツハシゴケ属］ |
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| Bapalmuia［ナガミイボゴケ属］ |
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| Barubria［ツエミハシゴケ属］ |
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| Byssolecania［ニセワタヘリゴケ属］ |
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| Byssoloma［ワタヘリゴケ属］ |
→●B. subdiscordans |
| Calopadia［チャハシゴケ属］ |
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| Fellhanera［コバシラゴケ属］ |
→●F. bouteillei |
| Fellnaheropsis［ニセコバシラゴケ属］ |
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| Lasioloma［ワタハシゴケ属］ |
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| Loflammia［ベニハシゴケ属］ |
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| Lopadium［ツブウスゴケ属］ |
→●L. disciforme |
| Micarea［タマイボゴケ属］ |
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| Pseudocalopadia［チャサジゴケ属］ |
→●P. chibaensis |
| Sporopodium［アミハシゴケ属］ |
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| Tapellaria［クロハシゴケ属］ |
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| Protoblastenia［ニセザクロゴケ属］ |
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| Psora［カイガラゴケ属］ |
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| Psorula［ヒメカイガラゴケ属］ |
→●P. rufonigra |
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| （Peltigeraceae [ツメゴケ科]／Lobariaceae［カブトゴケ科］として区別することがある） |
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| （Peltigeraceae [ツメゴケ科]／Nephromataceae［ウラミゴケ科］として区別することがある） |
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| Catolechia［キイロスミイボゴケ属］ |
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| Rhizocarpon［チズゴケ属］ |
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| 6. Teloschistales［ダイダイゴケ目］ |
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| A53. Ostropomycetidae［オストロパ菌亜綱] |
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| 1. Baeomycetales［センニンゴケ目］ |
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| Diploschistaceae［キッコウゴケ科］ |
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| Gyalideopsis［ニセコザラゴケ属］ |
→● |
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| Coenogoniaceae［ダイダイサラゴケ科］ |
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| Coenogonium［ダイダイサラゴケ属］ |
→● |
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| 4. Pertusariales［トリハダゴケ目］ |
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| Coccotremataceae［アナツブゴケ科］ |
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| 5. Sarrameanales［（サラメアナ）目］ |
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| A54. Subclass uncertain［亜綱不明] |
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| 1. Candelariales［ロウソクゴケ目］ |
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| A6. Lichinomycetes［ツブノリ菌綱］ |
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| B. BASIDIOMYCOTA［担子菌門］―BASIDIOMYCOTINA［担子菌綱］ |
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| 2. Cantharellales [アンズタケ目] |
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