海の博物館では、周辺の自然も活動の場と考えています。
当館周辺は、小さな湾と岬が交互に続くリアス式海岸となっています。湾の奧には小規模ながら砂浜が存在し、岬の周りは切り立った崖からなっています。
そして、崖の上は低い尾根となり、崖の下には平らな岩場が広がっています。
これらの場所では四季おりおりの植物や昆虫、ならびに多くの海岸動物や海藻を観察することができ、当館では目の前の海岸と鵜原理想郷の二カ所を自然観察エリアとして観察会やフィールドトリップに利用しています。
また、展示室の「博物館をとりまく自然」のコーナーでも紹介し、博物館を訪れた方々が自ら自然観察を行うことをおすすめしています。